ChemDrawをいじくり回してみた

あけましておめでとうございます。今日はChemDrawについて少し紹介します。
(追記: ChemDrawのアップデートに伴いPart2を書きました→こちら)

卒論、修論、博士論文など、学位論文の時期に差し掛かり、いよいよ、という感じですね。
有機化学に限らず、化学系の優秀な学位論文に欠かせないのは、美しい構造式、図だと思います (文章の書きっぷりももちろんですが)。
あまりにアレだと「センスレスやな」と、指導教官にそんな三行半を突きつけられることも。。。苦笑

「実験する時間も必要だし、でも美しい構造式使って学位論文書かなければいけないし、イヤーーーー」、という感じでヒーヒーいうのがこの時期の風物詩です。ヒーヒー言ってる人は一生懸命ということなので、むしろ健全ですけど。笑
そんな一生懸命なあなたの助けに少しでもなれればということで、僕のChemDrawいじりの成果とちょっとしたテクを紹介します。

内容としてはキーボードを使いこなす、その他のテク、というもの。慣れれば条件反射的に操作できるので結構時間の節約に使えるのでは、と思います。過去にケムステでもショートカットキーなど似たような記事があった気がしますが、少し派生したものもあるので上級者の方もどうかお付き合いください。

キーボードを使いこなす

「原子にポインタを合わせてキーボード入力」編

では、まずはベンゼン環を出発として、いろいろいじくり回していきます。
分子構造を書く際、「ベンゼンのアイコンを選んで、次に結合のやつを選んで結合伸ばしていって、あ、ここはアミノ基だからテキストのアイコン選んで、、、」ってな具合にいちいちMain Toolbarのアイコン押すの面倒に感じる人も多いと思うんです。このキーボード入力活用のやり方としては、いじりたい原子や結合にマウスポインタを合わせてキーボードを叩くだけ。キーボードをうまく使うと最小限のMain Toolbar使用で簡単にベンゼンからピリジンを書けます。

こんな感じでキーボードを叩いていけば汎用な原子、さらには官能基は表記できます。下にまとめてみました。
ポインタはベンジル位に合わせてキーボードを叩いています。覚えるより慣れる方がいいと思います。
これ以外にもごくわずか使えるものありますけど、出てくる構造式が醜く感じたりイマイチよくわからないのでカット。

1から6までの数字キーも使えはしますが、修正が必要だったりいろいろあったりと注意が必要。

さて、これ以外の官能基は？ですが、現状テキストツールに頼るしかないです。でもテキストのアイコン押すのすら省きたい！という方は、その原子にポインタを合わせてEnterで入力を開始できます。入力終了時はEnter、もしくはShift + Enterがいいでしょう。

あと、結合を生やすこともできます。ここで使うのは、8、9、0キー。0が結合一本、9が二本、8が三本といった具合です。3本のやつは結合角的にブサイクなので、使う場面はかなり限られます。

「結合にポインタを合わせてキーボード入力」編

次に紹介するのは「結合にポインタを合わせて」シリーズです。結合に合わせて1、2、3を押すとそれぞれ単結合、二重結合、三重結合にできます。アルキンの場合ですが、折れ曲がった構造式はそのまま提出したら速攻はね返されるので最後直すことを忘れずにしましょうね笑
Bを押すと太く(Bold)、Dが破線(Dash)、Wがupの結合(Wedged)、Hがdownの結合(Wedged Hashed)、Shift + Hが別のdownのやつ(Hashed)といった具合です。

これとさっきの原子にポインタを合わせて、のやつを組み合わせると早く構造式をかけたりします。
例えば安息香酸を書くときなど、MainToolbarの使用を初めのベンゼン環のアイコンを選ぶだけでかけるようになります。

その他テク

「トリプルクリックでキーボード入力を省こう」編

散々キーボードを推してきましたが、同じ官能基を繰り返し入力する際、トリプルクリックを駆使することでキーボード入力すら省くことができます。
例えば下の図ではMainToolbarを一回しか使わずにトリメトキシベンゼンを書いてみました。

他にもいろいろありますが、長くなってきたのでこの辺で。少しでも皆さんの研究の助けになりますように。

それでは本年もよろしくお願いします！

この記事を書いた人
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武藤慶

准教授：早稲田大学山口研究室

趣味はラーメン、漫画、マラソン、自転車、野球、バレーボール。ものづくりの街、豊田市出身。車ではなく分子レベルでのものづくりを極め、非常識だが理想的な方法論で未踏分子を世に出すことを目指す。60歳になっても子供のように、化学でできるあんな未来こんな未来を語り、学生とともに実現に向けて一歩を踏み出せる研究者でいたいと考えている。